نسخ آیه و مقطعی بودن آن , منافاتی با معجزه بودن قرآن ندارد, بلکه برعکس است ; زیرا اگر لازم باشد حکمی مقطعی باشد به این معنا که در جامعه فعلاً حکم جاودانه به صلاح نباشد, اگر مراعات این امرنشود و از ابتدا حکم اصلی و همیشگی آورده شود, خلاف معجزه بودن قرآن تلقی می شود. حکمت الهی اقتضا می کند تا زمینهء جاودانه بودن حکمی فراهم نشود, حکم همیشگی و اصلی را بیان نکند و حکم موقتی راابراز دارد.

 نسخ در لغت به معنای از بین بردن و در منطق شرع , تغییر دادن حکمی و جانشین ساختن حکم دیگر به جای آن است , مثلاً مسلمانان ابتدا مدت شانزده ماه به سوی بیت المقدس نماز می خواندند, پس از آن دستورتغییر قبله صادر شد, و یا در سورهء نساء آیه پانزده دربارهء مجازات زنان زناکار دستور داده شده که در صورت شهادت چهار شاهد بر کار خلافشان , در خانه حبس شوند تا زمانی که مرگشان فرا رسد یا خداوند دستوردیگری برایشان مقرر بفرماید, اما این که آیا با آیهء دوم سورهء نور نسخ شد و در آن مجازات تبدیل به یکصدتازیانه شد. نسخ از آن رو است که نیازهای انسان گاه با تغییر زمان و وضع محیط دگرگون می شود و گاه ثابت وبرقرار است . یک روز دارویی برای بیمار فوق العاده مفید است , اما روزدیگر به خاطر تغییر وضع غیر مفید وزیان بار است ; لذا پزشک دستور تغییر دارو را می دهدنسخ به هر معنا که تبیین شود, منافاتی با معجزه ندارد. 

هم چنین می توان گفت : آیه ای که منسوخ شده , به کلی ساقط نشده است و از آیه و معجزه بودن ساقطنمی شود. مرحوم علامهء طباطبایی می گوید: نسخ مخصوص احکام شرعیه نیست و در امور تکوینی نیز جریان دارد و نیازمند دو طرف است : ناسخ و منسوخ . ناسخ , کمالات و مصالح منسوخ را در بر دارد و در ظاهر بامنسوخ مخالف است , ولی در این جهت که هر دو دارای مصلحت اند, شریک می باشند; لذا تناقضی میان آن هانیست . نسخ بر طبق جریان ناموس طبیعی در مورد حیات و مرگ و روزی و عمر و اقتضای مصالح بندگانِ خدا,به اختلاف هر عصر و تکامل انسان , صورت گرفته است . هم چنین هنگامی که حکمی به وسیلهء حکم دیگرنسخ شود, هر دو حکم واجد مصلحت دینی هستند و هر یک در زمان خود با مصلحت وقت بهتر تطبیق می کند,